O nome da cidade faz referência a muitos ajurus às margens do Rio Limoeiro, tendo os significados de ave ou planta. Origem histórica, na segunda metade do século XIX, cronistas, viajantes e historiadores relatavam preciosas informações sobre a epopéia dos pioneiros do lugar.

O fator de desenvolvimento foi o Furo do Rio Limoeiro, que dá acesso entre os rios Tocantins e Pará, permitindo internavegação no sentido noroeste-sudeste, facilitando acesso à Ilha de Marajó e Baixo Amazonas. A povoação primitiva vicejou sobre as barrancas do Limoeiro, constituindo-se, principalmente, de palafitas, sendo que em anos posteriores ocorreu o aterramento das principais vias da cidade.

O Município foi criado em 29 de dezembro de 1961, pela Lei nº 2.460, com território desmembrado de Cametá, ao qual estava integrado por meio do Distrito de Joana Coeli. Coube a Limoeiro do Ajuru, uma pequena porção territorial do Município de Oeiras do Pará, a compreendida entre o Rio Cujipó-Miri e o Rio Morujucá. A instalação ocorreu em 5 de abril de 1962.